O pacote knitr é um mecanismo rápido, elegante e flexível para gerar relatórios dinâmicos no R. Ele trabalha lado a lado com o rmarkdown para transformar arquivos .Rmd em diversos formatos, como html, pdf e até mesmo word. Misturando chunks de código em R com texto puro, LaTeX e html, a tarefa de criar outputs para análises estatísticas no R ficou muito mais simples.
Quando estamos trabalhando com arquivos Rmarkdown no Rstudio, o diretório de trabalho é a própria pasta onde o Rmd está salvo. Assim, se o nosso relatório tem algum input (banco de dados, arquivos com código em R ou imagens, por exemplo), esses arquivos precisam estar nessa pasta. Isso pode ser uma chateação se você está dentro de um projeto e organizou os arquivos de forma diferente: banco de dados em uma pasta, .R em outra, imagens em outra, outputs em outra…
A primeira ideia que vem à cabeça é usar a função setwd() dentro de algum chunk para mudar o diretório de trabalho dentro do arquivo Rmd. No entanto, se fizermos isso, o diretório de trabalho será mudado para aquele chunk, mas voltará a ser a pasta do arquivo .Rmd após a sua execução. Veja o warning abaixo.
setwd('../')
# Warning message: you changed the working directory
# to C:/novo_diretorio (probably via setwd()).
# It will be restored to C:/diretorio_do_Rdm.
# See the Note section in ?knitr::knit.Lendo a seção “Note” do ?knitr:knit, verificamos que mudar o diretório de trabalho via setwd() pode levar a terríveis consequências. Basicamente, figuras e arquivos de cache podem ser salvos no lugar errado, e o seu relatório não será gerado corretamente. Ainda lendo a seção “Note”, encontramos a maneira correta de mudar o diretório de trabalho: setar a opção opts_knit$set(root.dir = ...).
opts_knit$set(root.dir = '../')Vale ainda ressaltar que a mudança do diretório só vai ser definida para os chunks seguintes, isto é, se você fizer a mudança opts_knit$set(root.dir = '../') e, no mesmo chunk, tentar ler um arquivo no diretório pai (source(input.R), por exemplo), o arquivo não vai ser encontrado.
